Bobby Jr. kører på en klassisk arkade-fysikmotor, der prioriterer præcis hop-timing og momentum-kontrol. Hver platforminteraktion følger deterministiske regler, hvor dit input direkte oversættes til karakterbevægelse uden kunstig assistance eller automatiske korrektioner. 50-niveau progressionssystemet øger sværhedsgraden gennem miljøfarer, bevægelige platforme og fjendtlige mønstre frem for vilkårlige stat-ændringer.
Kontrolsystemet bruger et to-knaps input-system optimeret til touchscreen-præcision. Venstre og højre bevægelse reagerer på virtuelle D-pad input med 16-pixel-pr.-frame bevægelseshastighed, mens hop-knappen udfører en fast bue-bane, der når 128 pixels lodret højde. Dette skaber den samme færdighedsbaserede udfordring, der findes i 1980'ernes arkademaskiner, hvor mesterskab kommer fra muskelhukommelse og mønstergenkendelse.
Niveaudesign følger udfordring-belønning-checkpoint strukturen med manuelle lagringspunkter hver 3-5 skærme. Der er ingen tilfældige elementer, uendelige liv-køb eller betal-for-at-springe-over mekanikker. Hvert af de 50 niveauer indeholder skjulte møntplaceringer på i alt 100 samleobjekter pr. fase, hvilket tilskynder til udforskning og genspilværdi. Spillet gemmer din bedste gennemførelsestid og møntantal lokalt, hvilket muliggør offline konkurrence mod dine personlige rekorder.